大変わかりやすいご説明、ありがとうございました。おかげさまで無事解決いたしました。

（該当のモデルは弊社の新規開発品のためスクショをお見せすることができず申し訳ございません）

おっしゃる通り、いつの間にBodyの外観が上書きされていたようで、アセンブリの方で透明になっている部品の任意の面の外観からBodyの色を削除したら元通りになりました。（同期して構成部品の方の透明化も解除されました）

どのような動作をしてこうなってしまったのかが分からず、若干モヤモヤが残りますが、ひとまず解決法が分かったのでこれから安心して作業できます。

本当にありがとうございました。

もし、アセンブリで部品の色を上書きしている状況であれば、
アセンブリの構成部品の青と赤が斜め線で区切られているアイコンでクリックして「外観削除」で上書き解除されます。

色ではない可能性もあるので、もうひとつ説明します。
アセンブリ上で個々の部品をシェイディング表示や隠線表示などに切り替えられます。
もし「透明」ではなく、隠線表示などであれば、先の「青と赤が斜め線で区切られたアイコン」の左にあるアイコンが
個別に切り替えるものになります。
ここをクリックして「デフォルト表示」に切り替えると元に戻ると思います。