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かなり昔の事なので覚えていませんが、ファイル名変更くらいなら何とかできそうな気がしますね。
実際の手順を説明できませんが...

PDMのAPIにはファイル名変更のメゾットがありますので、ファイル名変更はできると思います。
あとは、ファイル名変更のリストみたいなのがあるのであれば、
Excelの64ビット版のVBAで、PDMのAPIを使うのが簡単かと思います。

流れとしては、
　Excelのセルから元ファイル名と変更先のファイル名を読み取り、
　PDMでファイルを検索して、
　チェックアウトされてないかチェックして
　ファイル名を変更、
　必要ならExcelのセルに結果を記載
のループでできるのではないでしょうか。

山本さん、柳井さん
ご回答いただきありがとうございます。
API勉強しないといけないですね。。。使ったことないので((+_+))
いろいろと考えてみたいと思います。